總括來看，歷年來有關台灣南島民族宗教方面的研究，很大的部分是企圖透過歲時祭儀、生命禮俗、巫術、禁忌和神話傳說等層面，來探討傳統的社會結構、社會文化特性以及物質生活形態等；此外，也有一部分的研究焦點是宗教的起源與發展，及信仰系統與宗教觀念等方面的具體內容。這樣的情形在前述的第一與第二期中最為明顯。

以1895-1945年的第一期來說，雖然有「官、學」的不同研究傳統，但南島民族的研究受到殖民政府的支持與協助是很明顯的，有關南島民族宗教方面的研究也可以從這個層面來觀察。到了1945年台灣光復之後，隨國民政府遷台的人類學者以歷史學派居多，因此「傳統宗教體系的建構」遂成為南島民族宗教研究的主軸。簡言之，將南島民族的部份文化內容歸類為「迷信」、「陋習」的情形已較為少見，而通常將這些文化內容納入「宗教」的範疇；至於宗教則常被視為社會文化的一環，透過宗教這個層面的資料，通常是要去了解一個族群的社會結構以及世界觀等等。

在第一與第二這兩個時期中，宗教制度本身鮮少成為自主的研究課題。到了第三個階段的1976年之後，宗教變遷成為一個重要的研究課題，而宗教做為一個獨立的研究課題也更為明確。 眾所皆知，基督宗教在台灣南島民族社會中的發展是很特殊的一個宗教現象。自從1945年國民政府採行宗教自由政策之後，基督宗教在短短的幾十年間能發展出超越地域、部落和族群之內在差異性的局面，更非平地教會所能比擬。據估計在全盛時期，各基督宗教的信徒總人數約佔「原住民」總人口數的80％（郭文般1985）。即使到了今日，基督宗教仍屬於「原住民」社會中最大、也最主要的自發性組織。為什麼「原住民」會接受基督宗教？改宗換教的過程是如何發展的？他們又如何把原來的信仰與新的宗教結合在一起？而目前原住民的現實宗教生活又呈現什麼樣的面貌？這些都是饒富趣味的問題，也吸引了許多學者投入研究。

綜觀歷來有關宗教變遷方面的研究，大多是強調不同的族群社會文化特質在宗教變遷的過程中所扮演的角色以及重要性，或討論驅使宗教變遷背後的可能主、客觀因素，例如內在社會文化、或外在大社會環境的主動作用等。事實上，在面對強勢的外來（如日本人與漢人）文化以及外在客觀的不同政治經濟環境時，每個族群都必須設法因應周遭的問題，而適應的成功與否，有時取決於是否能充分運用本身的傳統主要社會機制來銜接傳統與現代（黃應貴1999）。也因此在有關於南島民族宗教變遷與現實生活的研究議題中，無論是強調哪一種變遷的內在或外在動力來源，研究這領域的學者多半還是在社會文化的脈絡與限制下來討論變遷的過程，並以族群社會文化的特質和角度來解釋宗教現象。再者，宗教的持續與變遷不能脫離歷史的脈絡來討論，這已是許多研究者的共識；而如何在注重實地田野調查的傳統中，與歷史研究相結合及對話，如何避免僅由單一的因素來探討宗教變遷過程的動力，已經成為晚近研究南島民族宗教時一個不容忽視的課題。

總之，由台灣南島民族宗教研究的發展可以看出一個趨勢：對於實際、方法以及理論的探討，直到八０年代以後才逐漸的受到重視，所探討的主題也不再只是侷限於鋪陳那些即將消失、或已經成為歷史的風俗習慣、祭儀和神話傳說而已，而能以更廣泛的視野將研究對象延伸到被研究者當時所面臨的實際狀況與現實的社會問題。方法上也由早期的純粹依賴少數報導人和實地參與觀察之田野方式，轉而正視研究方法論、並強調應用其他社會科學方法來探討理論的可能性。只是回顧相關文獻，目前固然已經累積了相當多細緻的民族誌材料，也深入掌握了族群特殊的社會文化特質，但仍無法從每個族群的特性深刻地去探索理論性的課題，並呈現出台灣南島民族在區域上的特殊性來，這方面實有待學者們繼續努力。

舉例言之，台灣南島民族在1950年代以後大量皈依基督宗教的現象，放在世界人類學的民族誌中也是很特殊的例子。簡言之，不論是非洲、美洲以及大洋洲的社會中，接受基督宗教的原住民族通常都是在白人的統治下，因此基督宗教常與政治、經濟、軍事、教育等白人的殖民勢力相結合，因而構成「白人力量（white power）」的一環。但是在台灣南島民族的案例中，主要是在日本人與漢人的統治下而未曾受過白人的統治，在這樣的情況下基督宗教的接納背景與其他地方很不相同，如何凸顯出這樣一個社會、歷史特殊性，應該是很值得研究者深思的一個課題。

再者，以目前的文獻資料來看，雖然各時期的研究方式及探討主題未必相同，但對於宗教仍有些共同的假定。一、宗教做為一種理解的方式：宗教信仰是人類心靈的表現，反映人類的思考方式(Fustel de Coulanges 1956[1864], Evans-Pritchard 1937, Levi-Strauss 1966, Winch 1970〔1964〕, Geertz 1973)，也因此透過宗教的探討得以掌握當地人如何理解其生活世界；二、宗教規範道德行為：宗教信仰牽涉有關本分與責任等倫理概念，對人的行為有決定性的影響(Weber 1958[1904-5])，能夠結合人群成為一「道德性社群」(Durkheim1964[1912])，所以宗教研究的一個目的便是理解人們行為背後的動力與意義；三、宗教能夠激發情感(Turner 1967)，這樣的一個心理面向使得宗教維繫社會秩序、紓解個人恐懼、不安的功能得以完成。從人類學研究的脈絡可以發現，概念、象徵、儀式與組織是探討宗教現象時不可或缺的四個層面，日治時期有關台灣南島民族的宗教研究其實已經觸及了這幾個層面，而在1945年之後，這樣的宗教觀大體上仍延續至今。也正是在這樣的基礎上，研究者針對南島民族宗教的體系、功能、象徵意義等進行研究。然而，在歷來的文獻中，大多數的研究仍無法超出西方發展出來的定義與理論，甚少以南島民族的宗教現象為出發點，對「宗教是什麼」（或者「宗教的本質是什麼」）進行深刻的討論。事實上，這樣的問題在人類學研究中一直是討論的重點之一。如本文第二節中所敘述的，至少曾有主知論、社會論與心理論的不同處理方式，此處實無法細加討論。比較需要關注的課題在於：在當前的情境中，究竟該如何來面對這樣的問題？

在人類學的發展過程中，整體觀（holism）一直是一個被強調的重點，而在宗教人類學的基本架構中也一直把宗教當成社會文化體系的一環來處理。在這樣的發展脈絡下，人類學的核心概念─文化─居於相當關鍵的地位。然而長久以來，不同人類學者依據不同的理論傳統，進行不一樣的研究方式，其背後所假定的文化概念也就不盡相同。大致上說，以往的研究慣於把文化視為一個統合、不受挑戰以及不變的體系；最近的一些後現代研究則把文化貶抑為完全不統合、完全不被接受、也一直都不同的無用概念。就台灣南島民族宗教的文獻來說，早期的研究傾向於假定：各族群之間有清楚的界線，每個族群也都分別有其文化上的獨特性。在這樣的情況下，不但比較不能處理變遷方面的問題，族群內部的差異性也通常被忽略了。到了1970年代中期，宗教變遷方面的議題受到重視之後，研究者的文化觀有了明顯的轉變，因為族群與文化之間的關係不再被認為那麼地牢不可破。尤其到了90年代之後，有關族群與文化認同的問題浮現，台灣南島民族是否有明確的族群界線受到質疑，而相對地各族群是如何在歷史情境中型塑而成、以及文化在此一過程中扮演何種角色等問題獲得更多的注目。

事實上，如同前一節所敘述的，1989年之後隨著台灣的解除戒嚴有關南島民族宗教方面的文獻也呈現出多元的面貌，研究者對於文化的假定或觀點也有更多的差異，此處實無法詳細討論。但此處要指出的一個值得進一步思考方向是，如何由「文化基本分類概念」出發，來重新思考宗教的定義或範圍。台灣人類學界這方面的研究取向，可以說是從黃應貴（1989）有關布農族的人觀與儀式一文為開端，究其目的是要突破以往的人類學研究太注重社會組織、社會結構的層面，而忽略了從被研究者主觀的文化層面之探討。十多年來，這方面的成果已有三本論文集出版（黃應貴主編1993、1995、1999），這些論文集裡面的著作，不乏有關台灣南島民族宗教方面的研究，例如：許功明（1993）、蔣斌（1999）等人的研究，都具有這樣的旨趣。而一些最近完成的國外博士論文，例如王梅霞（2000）、顧坤惠（2000）、譚昌國（2001）的著作，也都可以從這個面向來理解。這方面的研究固然方興未艾，對於南島民族宗教研究的貢獻也有很大的發展空間，但這樣的研究取向基本上對以往的分析概念（如經濟、親屬、政治、宗教等）是採取一種解構的觀點，然後使用另外一些基本文化分類概念（如人觀、時間、空間、物等）來重新建構我們的探討架構。簡言之，大多數有關台灣南島民族宗教方面的文獻，傾向於把宗教（religion）視為一個理所當然的概念範疇，可以一開始就做清楚的範圍界定。然而不論是從本文第二節的敘述，或是從最近的一些台灣南島民族相關研究，都會發現先前的假定值得反省，因為每一群人共有的文化皆有其獨特的邏輯，與宗教相關的概念與制度也不同。在這樣的認識基礎上，若要進行台灣南島民族宗教方面的研究，研究者該如何去重新界定宗教、該如何去選取蒐集適當的資料，也是一個必須認真面對的問題。

此外，以往的南島民族宗教變遷方面研究，相當重視集體改宗的現象，或者習慣於從社會文化的角度去談改宗。這樣的探討方式，很可能無形中又強化了台灣南島民族集體性傾向的早期假設。事實上，對於基督宗教在南島民族社會中對不同成員所造成的影響、或改宗換教後個人宗教行為的改變、宗教生活的實質內容等等，研究者始終著墨甚少，也沒有深入探索對於宗教組織和結構、宗教的社會文化意義、或由傳統宗教到基督宗教的演變過程、甚至原住民改宗換教過程中個人內在的主觀經驗。簡言之，個人改宗後的宗教生活較少被觸及。然而隨著社會文化的變遷，尤其是許多原住民紛紛移居都市之後，個人層面的宗教行為與現象應該受到更多的注意，特別是都市原住民的宗教生活更是不容忽視。

再者，有關台灣南島民族的外來宗教研究，多半的研究者只注意到「原住民與基督宗教」此一項概念組合，而其他不論是漢人民間信仰、日本宗教、甚或客家人信仰，比較少有學者觸及。其實，目前南島民族的宗教生活十分的多元。基督宗教固然對南島民族社會造成極大的影響，然在基督宗教傳入之後，又因各教派的教義不同，對傳統宗教祭儀文化的解釋與容忍度亦不一致。單以基督宗教來說，就由於各教派對於聖經的詮釋不同，教會組織相異、對教友的要求亦不盡相同，致使教友們的宗教生活內容亦大異其趣。此外，也不乏有人固守著部分傳統的宗教信仰，也有人選擇接受日本的宗教如天理教、創價學會，或是漢人民間信仰等等，這些都使得南島民族的宗教現象顯得相當複雜，只是文獻上還無法將之完整地呈現出來而已。概要言之，目前各族群多樣貌的宗教信仰分布，涉及了許多方面的因素，這當中包括了各族對於「宗教」的界定與期望、不同宗教勢力的相對影響、不同族群的歷史經驗與族群關係、族群內部政治勢力的消長等等。假設我們從同一個族群來觀察，並假定此一族群的文化是大同小異的，有一天也許我們會發現：雖然不同地區、不同群體、不同時期接受了不同的宗教，但在形形色色的表面現象之後，仍然可以找到一個共同的文化基礎，例如對權力的看法或是對宗教的期望等等；換言之，有些核心文化的價值是一直延續的，只是因為不同地區、不同人群有不同的歷史遭遇，所以選擇了不同的宗教。諸如此類的問題或想法，有賴更多的有興趣者加入實際的研究行列，豐富台灣南島民族宗教方面的文獻，如此我們才有可能逐步地去回答。